quick start¶

paplotをインストール
testサンプルでコマンドを実行
結果ファイルを表示

1. paplotをインストール¶

ここではサーバサイドでのインストールを記載しています。
ここでうまくいかない方、個人のPCにインストールする方は install を参照してください。

HGCスパコンで使用する場合、事前に qlogin してください。

git clone -b master https://github.com/Genomon-Project/paplot.git
cd paplot

python setup.py build install --user

installの確認

以下を入力してください。

paplot conf

このように表示されればインストール成功です。

**********************
   hello paplot !!!
**********************

config file:/usr/lib/python2.7/site-packages/{paplot-versoion}-py2.7.egg/config/paplot.cfg
(このあとにデフォルト設定の内容が表示されます)

2. サンプルデータでコマンドを実行¶

サンプルデータを用意していますので実行します。

cd {paplotをインストールしたディレクトリ}

# create bar graphs of qc
paplot qc "example/qc/*.csv" ./tmp demo --config_file example/example.cfg

# create bundle graphs of Structural Variation (SV)
paplot ca "example/sv/*.txt" ./tmp demo --config_file example/example.cfg

# create matrix graphs of mutation
paplot mutation example/mutation/sample_merge.csv ./tmp demo --config_file example/example.cfg

# create signature graphs
paplot signature "example/signature/Nik_Zainal_2012.full.*.json" ./tmp demo --config_file ./example/example.cfg

# create signature graphs (pmsignature)
paplot pmsignature "example/pmsignature/Nik_Zainal_2012.ind.*.json" ./tmp demo --config_file ./example/example.cfg

3. 結果ファイルを表示¶

HTMLファイルができていますか？

{paplot をインストールしたディレクトリ}
  └ tmp
      ├ demo
      │   ├ graph_ca.html            <--- ca グラフ
      │   ├ graph_mut.html           <--- mutation-matrix グラフ
      │   ├ graph_pmsignature2.html  <--- pmsignature グラフ (数字はsignature数)
      │   ├ graph_pmsignature3.html
      │   ├ graph_pmsignature4.html
      │   ├ graph_pmsignature5.html
      │   ├ graph_pmsignature6.html
      │   ├ graph_qc.html            <--- qc グラフ
      │   ├ graph_signature2.html    <--- signature グラフ (数字はsignature数)
      │   ├ graph_signature3.html
      │   ├ graph_signature4.html
      │   ├ graph_signature5.html
      │   └ graph_signature6.html
      │
      ├ js          <--- この4つのディレクトリはHTMLファイルを表示するために必要です。消さないでください。
      ├ layout
      ├ lib
      ├ style
      │
      └ index.html             <--- このファイルを web ブラウザで開いてください。

index.htmlファイルを web ブラウザで開いてください。

※HGCスパコン等、サーバ上で実行した場合はファイルをローカルに転送するか、サーバ上の仮想ウィンドウ(NoMachime等)で表示してください。
ローカルに転送する場合は、tmp ディレクトリを丸ごとコピーしてください。

次のように見えていますか?

QC グラフ

CA グラフ

mutation-matrix グラフ

signature グラフ new

pmsignature グラフ new

それぞれのグラフの使い方は how to use graphs を参照してください。