Config 記述方法 (QC)¶
全設定項目は こちら
列と設定の対応¶
| name | input type | required | description |
|---|---|---|---|
| col_opt_duplicate_reads | numeric | x | number of total reads |
| col_opt_mapped_reads | numeric | x | number of mapped reads |
| col_opt_total_reads | numeric | x | number of duplicate reads |
| col_opt_average_depth | numeric | x | mean of insert size |
| col_opt_mean_insert_size | numeric | x | average of depth |
| col_opt_read_length_r1 | numeric | x | number of read_length_r1 |
| col_opt_read_length_r2 | numeric | x | number of read_length_r2 |
| col_opt_ratio_2x | 0.0～1.0 | x | coverage (depth=2) |
| col_opt_ratio_10x | 0.0～1.0 | x | coverage (depth=10) |
| col_opt_ratio_20x | 0.0～1.0 | x | coverage (depth=20) |
| col_opt_ratio_30x | 0.0～1.0 | x | coverage (depth=30) |
| col_opt_id | text | x | サンプルを識別できる名称 |
ユーザ定義グラフ¶
QCではすべてのグラフがユーザ定義になっています。
※ 積み上げグラフのみです。それ以外のグラフにすることはできません。
configファイルの
[qc_chart_*] というセクションに必要事項を記入します。[qc_chart_brush] (領域を選択できるグラフ) を先頭に[qc_chart_1],[qc_chart_2],[qc_chart_3] の順番に表示します。
必要な数だけ [qc_chart_*] セクションを増やすことができます。
exampleでの設定例は次のようになっています。
** [qc_chart_*] 各セクションの設定内容 **
各セクションでは次のオプションを設定します。
| title: | グラフのタイトル |
|---|---|
| title_y: | y軸のタイトル |
| stack: | 積み上げ要素。複数ある場合は積み上げる順にstack1, stack2, ... と連番に指定します。{ } 内にキーワードを設定します。キーワードについては ユーザ定義フォーマット を参照してください。 |
| name_set: | 積み上げ要素の凡例名と色。色は省略可能。省略した場合、デフォルト値を上から順番に使用します。 |
| tooltip_format: | mouse over で表示されるポップアップウィンドウのフォーマット。複数行の場合は上から順にtooltip_format1, tooltip_format2, ... と連番に指定します。記載方法は ユーザ定義フォーマット を参照してください。 |
name_set(色指定あり)
name_set(色指定なし)
** デフォルト色 **
