はじめに¶

paplotはゲノム解析結果を自動でグラフ化するツールです。

ゲノムを解析して、このようなテキストファイルができたとします。

このあと何をしますか？
グラフを作成しないでしょうか？
毎回手動で作成したり、似たようなスクリプトを書いていませんか？
データの抽出条件、ソート条件を変えて再度グラフを作成していないでしょうか？

paplotはこの作業を自動化して、皆さんのゲノム解析を少しだけ楽にする…かもしれません。

作成できるグラフ¶

bamファイルの品質をグラフに表示します。

Structural Variation (SV) 等、Chromosome間の変異を円形のplotで可視化し、棒グラフでその分布を表示します。

検出したmutation について縦軸を遺伝子(Gene), 横軸をサンプル(Sample) として、変異タイプ別に表示します。

検出したmutation についてsignatureとその集積を積み上げグラフで表示します。

pmsignature を使用した表現も可能です。