Genomon データを使用する

Genomon-pipeline の解析結果に関して、各バージョンの設定ファイルを用意しています。

※カスタマイズする場合は 自分のデータを使用する を参照して変更してください。

{paplotをインストールしたディレクトリ}/config_template

file name	version
genomon_v2_0_0.cfg	Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3
genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg	Genomon 2.0.4 ～ 2.0.5
genomon_v2_2_0_merge.cfg	Genomon 2.2.0
genomon_v2_3_0_merge.cfg	Genomon 2.3.0
genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg	Genomon 2.4.0 (dna)
genomon_v2_4_0_rna_merge.cfg	Genomon 2.4.0 (rna)

※ Genomon 2.4.0 よりrna結果のpaplot出力に対応しました。

Genomon-pipeline の結果ファイルをもとにしたバージョンの見分け方

version	mutation	sv	qc	post-analysis
Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3	ヘッダなし	ヘッダなし	結果なし	結果なし
Genomon 2.0.4 ～ 2.0.5	ヘッダあり	ヘッダなし	結果あり	結果なし
Genomon 2.2.0	ヘッダあり	ヘッダあり	結果あり	結果あり

※genomon 2.3.0 以降はpaplot/{サンプルファイル名}/index.html にGenomon-pipeline のバージョン名を出力しています。

実行例

genomon_root={Genomonを実行したディレクトリ}
sample={Genomon実行時のサンプルファイル名}
output_dir={paplotの出力ディレクトリ}
project_name={プロジェクト名}
paplot_install_dir={paplotをインストールしたディレクトリ}

# for Genomon 2.4.0
## dna
paplot qc ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg
paplot ca ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ./config_template/genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg
paplot mutation ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ./config_template/genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg

## rna
paplot qc ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_starqc.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_4_0_rna_merge.cfg
paplot ca ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_fusionfusion_filt.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ./config_template/genomon_v2_4_0_rna_merge.cfg

# for Genomon 2.3.0
paplot qc ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg
paplot ca ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ./config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg
paplot mutation ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ./config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg

# for Genomon 2.2.0
paplot qc ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg
paplot ca ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg
paplot mutation ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg

# for Genomon 2.0.4 or Genomon 2.0.5
paplot qc "${genomon_root}/summary/*/*.tsv" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg
paplot ca "${genomon_root}/sv/*/*.genomonSV.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg
paplot mutation "${genomon_root}/mutation/*/*_genomon_mutations.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg

# for Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3
paplot ca "${genomon_root}/sv/*/*.genomonSV.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_0.cfg
paplot mutation "${genomon_root}/mutation/*/*_genomon_mutations.result.txt" ${output_dir} ${project_name} --config_file ${paplot_install_dir}/config_template/genomon_v2_0_0.cfg