実行手順 (pmsignature) 
¶
ここでは pmsignature を使用した場合のデータの準備方法を解説します。
注釈
1. pmsignatureの実行¶
pmsignatureを type="independent" (default) で実行したのち、パラメータを .Rdata ファイルに出力します。
今回の例では、pmsignatureのサンプルデータを使用しています。
library(pmsignature)
# use sample data
inputFile <- system.file("extdata/Nik_Zainal_2012.mutationPositionFormat.txt.gz", package="pmsignature")
G <- readMPFile(inputFile, numBases = 5, trDir = TRUE)
# use background
BG_prob <- readBGFile(G)
Param <- getPMSignature(G, K = 3, BG = BG_prob)
Boot <- bootPMSignature(G, Param0 = Param, bootNum = 100, BG = BG_prob)
# save .Rdata
resultForSave <- list(Param, Boot)
save(resultForSave, file="pmsignature_ind3.Rdata")
2. paplotで使用できるように結果ファイルを変換する¶
1で作成した"pmsignature_ind3.Rdata" ファイルをpaplotで読み込めるように.json形式に変換します。
変換スクリプトを用意していますので、以下より最新版をダウンロードし、適切な場所に解凍してください。 インストールの必要はありません。
https://github.com/Genomon-Project/genomon_Rscripts/releases
入力ファイル, 出力したいファイル名の順に引数を渡します。
R --vanilla --slave --args ./pmsignature_ind3.Rdata ./pmsignature_ind3.json < {path to genomon_Rscripts}/pmsignature/convert_toJson_ind.R
3. paplotの実行¶
2で作成した"pmsignature_ind3.json" ファイルを使用して、paplot を実行します。上述の方法で実行した場合、configファイルの変更は必要ありません。
注釈
backgroundを使用しない場合は、configファイルのbackgroundをFalseに変更してください。
paplot signature pmsignature_ind3.Rdata ./temp signature_test
[補足] jsonフォーマット¶
{
"ref":[
[ # signature 1
[0.338,0.15,0.183,0.327], # ref1 (A,C,G,T)
[0.362,0.191,0.177,0.267], # ref2 (A,C,G,T)
[0,0.731,0,0.268], # ref3 (A,C,G,T)
[0.31,0.165,0.251,0.272], # ref4 (A,C,G,T)
[0.295,0.193,0.168,0.341] # ref5 (A,C,G,T)
],
[ # signature 2
[0.179,0.414,0.084,0.321],
[0.007,0.025,0.004,0.962],
[0,0.999,0,0],
[0.472,0.104,0.041,0.381],
[0.277,0.175,0.284,0.262]
]
],
"alt":[
[ # signature 1
[0,0,0,0], # altA (A,C,G,T)
[0.194,0,0.091,0.445], # altC (A,C,G,T)
[0,0,0,0], # altG (A,C,G,T)
[0.093,0.163,0.011,0] # altT (A,C,G,T)
],
[ # signature 2
[0,0,0,0],
[0.059,0,0.437,0.502],
[0,0,0,0],
[0,0,0,0]
]
],
"strand":[
[0.461,0.538], # signature 1
[0.512,0.487] # signature 2
],
"id":["PD3851a","PD3890a","PD3904a"],
"mutation":[[0,0,0.535],[0,1,0.038],[0,2,0.426],[1,0,0.186],[1,1,0.156],[1,2,0.656]],
"mutation_count":[702,2312,2096]
}
signature描画データ
| ref: | signatureの各リファレンスの値。
signatureごと、リファレンスごとにA,C,G,Tの順に値を記述します。描画時に再計算しますので、合計して1になる必要はありません。
今回の例ではbaseの数が5ですが、3や7など奇数の数値であれば変更可能です。
|
|---|---|
| alt: | signatureのaltの値。
signatureごとに16個の値を設定します。
横方向のサイズはref3 (base=5の場合。base=3であればref2, base=7であればref4) のACGTの各値に従うため、altAとaltGについては通常は0を設定します。
|
| strand: | signatureのstrandの値。
signatureごとにplus, minus2つの値をそれぞれ設定します。
strandが無い場合は [0,0] を記入します。
|
積み上げグラフ描画データ
| id: | サンプル名リスト
|
|---|---|
| mutation_count: | サンプルごとのmutation数
上記の例の場合、PD3851a のmutation数=702, PD3890a のmutation数=2312, PD3904a のmutation数=2096 となります。
|
| mutation: | サンプルごと、signatureごとの割合を設定します。
[sample index, signature index, value] の順に記載します。
サンプルのindexは id で記載した順に0からカウントします。
上記の例の場合、PD3851a=0, PD3890a=1, PD3904a=2となります。
signatureのindexも ref で記載した順に0からカウントします。
backgroundを使用する場合、signature1, signature2, ..., backgroundの順にカウントします。
上記の例の場合、signature1 = 0, signature2 = 1, background = 2となります。
|
注釈
key名は変更可能です。key名を変更した場合は設定ファイル ([result_format_pmsignature] key_*)を変更してください。
注釈
jsonとしての形式の厳密さについては、paplotはpythonのjsonパッケージを使用しているため、次のコマンドで読めればOKです。
python jsonパッケージを使用したファイル確認例 (ファイル名が "Nik_Zainal_2012.ind.3.json" の場合)
$ python
>>> import json
>>> json.load(open("Nik_Zainal_2012.ind.3.json"))