about install

paplot conf でエラー

PATH もしくは LD_LIBRARY_PATH の設定が不足しているときにおこります。
install を確認してください。

このようなエラーの場合、PATH の設定が正しくありません。
$ paplot conf
-bash: /usr/bin/paplot: No such file or directory
このようなエラーの場合、LD_LIBRARY_PATH の設定が正しくありません。
$ paplot conf
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/paplot", line 4, in <module>
    __import__('pkg_resources').run_script('paplot===0.2.7devel', 'paplot')
(省略)
pkg_resources.DistributionNotFound: The 'paplot===0.2.7devel' distribution was not found and is required by the application
paplot ファイルがない場合はインストールが成功していない可能性があります。
成功した場合は最後の3行がこのように表示されます。
paplot-0.2.7の数字はバージョンによって変化します。

$ python setup.py build install

(最後の3行)
Installed /usr/lib/python2.7/site-packages/paplot-0.2.7devel-py2.7.egg
Processing dependencies for paplot===0.2.7devel
Finished processing dependencies for paplot===0.2.7devel

about graphs

グラフを画像で保存したい

v0.4.0より画像保存機能が追加されました。
それぞれのplotにある「export」ボタンをクリックしてください。
メニューが表示されますので、SVG, PNG どちらか希望するフォーマットを選択してください。

_images/qa_export.PNG
出力フォーマット

  • SVG ... タグで記載されたテキストファイルです。SVG対応の画像編集ソフトウェアのほか、各種ブラウザでも表示できます。
  • PNG ... 画像ファイルです。背景透過処理を施しています。
なお、1プロットのみ保存したい場合は、それぞれのプロットの上で右クリックで保存することも可能です。

_images/qa_export2.PNG

注釈

この機能は以下のブラウザで確認しています。うまく動かない場合は、最新のバージョンにアップデートするか、別のブラウザをお試しください。

  • Windows
    • Firefox (47.0)
    • Chrome (51.0)
    • Internet Explorer11 (11.0)
  • Mac
    • Firefox (45.2)
    • Chrome (52.0)
    • Safari (9.1.2)

Chromeの場合

フォーマット選択後、自動的にダウンロードされます。

Firefoxの場合

フォーマット選択後、ダウンロードに関するメッセージが表示されますので、任意の場所に保存してください。

_images/qa_export_firefox.PNG

IEの場合

  • SVG ... フォーマット選択後、ダウンロード画面が表示されますので、任意の場所に保存してください。
  • PNG ... 画像が新しいタブで表示されますので、右クリックして「名前を付けて画像を保存…」を選択してください。

Safariの場合

  • SVG ... 画像が新しいタブで表示されますので、右クリックして「ページを別名で保存…」を選択してください。
各項目は次のように指定してください。
書き出し名「{任意の名前}.svg」
フォーマット「ページのソース」

  • PNG ... 画像が新しいタブで表示されますので、右クリックして「イメージを別名で保存…」を選択してください。
※新しいタブが開かない場合、以下の設定を確認ください。
Safari→環境設定→セキュリティ→Webコンテンツ→「ポップアップウィンドウを開かない」チェックを外す

with GenomonPipeline

mutation matrixが表示されない

annovar設定をOFFにしていると表示されません。(Gene情報とfunction情報が取得できないため) Genomon設定ファイルをご確認ください。

[annotation] active_annovar_flag = False