pmsignature 実行手順

ここでは pmsignature を使用した場合のデータの準備方法を解説します。

注釈

実行前に R の環境構築と pmsignature および関連パッケージのインストールが必要です。
インストールおよび、実行コマンドの詳しい解説は pmsignature を参照ください。

別のツールを用いて pmsignature 解析を行った場合は、 仕様 に準拠する json ファイルを別途準備ください。

試験的にdocker imageを公開しています。 https://hub.docker.com/r/aokad/pmsignature/

1. 結果ファイルの整形

signature 参照

2. pmsignature の実行

pmsignature を type="independent" (default) で実行したのち、パラメータを .Rdata ファイルに出力します。

今回の例では、pmsignature のサンプルデータを使用しているため .txt.gz 形式ですが、1. の結果ファイルを入力する場合は圧縮する必要はありません。

library(pmsignature)

# use sample data
inputFile <- system.file("extdata/Nik_Zainal_2012.mutationPositionFormat.txt.gz", package="pmsignature")
G <- readMPFile(inputFile, numBases = 5, trDir = TRUE)

# use background
BG_prob <- readBGFile(G)

Param <- getPMSignature(G, K = 3, BG = BG_prob)
Boot <- bootPMSignature(G, Param0 = Param, bootNum = 100, BG = BG_prob)

# save .Rdata
resultForSave <- list(Param, Boot)
save(resultForSave, file="pmsignature_ind3.Rdata")

3. paplot で使用できるように Rdata を変換する

  1. で作成した"pmsignature_ind3.Rdata" ファイルを paplot で読み込めるように .json 形式に変換します。

変換スクリプトを用意していますので、以下より最新版をダウンロードし、適切な場所に解凍してください。 インストールの必要はありません。

https://github.com/Genomon-Project/genomon_Rscripts/releases

入力ファイル、出力したいファイル名の順に引数を渡します。

R --vanilla --slave --args ./pmsignature_ind3.Rdata ./pmsignature_ind3.json \
< {path to genomon_Rscripts}/pmsignature/convert_toJson_ind.R

4. paplot の実行

  1. で作成した "pmsignature_ind3.json" ファイルを使用して、paplot を実行します。上述の方法で実行した場合、設定ファイルの変更は必要ありません。

paplot 実行例

paplot signature pmsignature_ind3.Rdata ./temp signature_test